Русский ботаник, член - корреспондент Петербургской АН (с 1893). Отец И. И. Шмальгаузена. Родился в Петербурге. Окончил Петербургский университет (1871). Совершенствовал знания в лабораториях Германии, Швейцарии, Италии и Франции. С 1879 - профессор Петербургского и Киевского университетов.

Основные научные работы посвящены флористике и палеоботанике. Изучал флору Юго - Западной России, ископаемые растения различных регионов. Составил флористические сводки исследованных районов, включающие более 4,5 тыс. видов растений. В палеоботанических трудах дал описание растений девона, карбона, юры и третичного периода. Один из основоположников палеоботаники в России.