Русский математик, педагог. Родился в с. Осташковское (ныне Калининской обл.). Окончил Славяно-греко- латинскую академию в Москве. Самостоятельно изучил математику, ряд европейских и древних языков. В 1701—1715 преподавал математику в Московской школе математических и навигацких наук, в 1715—1739 был учителем и заведовал учебной частью в Морской академии в Петербурге. Руководил набором в цифирные школы.

Большую известность получила его «Арифметика» (1703)—основной учебник математики в русских школах до середины XVIII в. Здесь, кроме сведений по арифметике, содержатся элементы алгебры, геометрии, тригонометрии, ряд практических расчетов по коммерческим вычислениям, технике и навигации. В соавторстве с другими преподавателями Магницкий издал «Таблицы логарифмов, синусов, тангенсов и секансов» (1703); ему принадлежит также справочник «Таблицы горизонтальных северных и южных широт» (1722).