“Даная” казалась особенно загадочной. Ученые не сразу разгадали, кто именно из мифологических персонажей изображен на полотне. Думали, что это древнееврейский сюжет или просто бытовая сцена. Но золотой дождь на картине подсказал, что в основе композиции миф о прекрасной Данае.  Когда царь Аргоса узнал о пророчестве, согласно которому ему суждено умереть от руки сына Данаи, своей дочери, он заключил её в подземелье и приставил к ней служанку. Бог Зевс, однако, проник к Данае в виде золотого дождя, после чего она родила сына Персея.
Чтобы подтвердить эту гипотезу, ученые начали делать рентгеновские снимки полотна. Рентгеноскопия показала, что на первоначальном изображении присутствовал золотой дождь, льющийся на Данаю, а взгляд её был направлен вверх, а не в сторону..

 В результате этого они обнаружили, что художник несколько раз переписывал лицо и фигуру Данаи. Ему позировали его жена Саския и служанка Хендрикье Стоффельс. Так рентгеновский аппарат помог восстановить фазы работы над картиной и схему создания собирательного образа. Картина, действительно, подверглась просвечиванию рентгеновскими лучами. Оказалось, что в первоначальном варианте золотой дождь был. В том числе и на этом основании был сделан окончательный вывод, что на картине изображена Даная. Моделью для изображения дочери царя Акрисия в первом варианте, написанном в 1636 году, была жена Рембрандта Саския. После ее смерти Рембрандт переделал это произведение, изобразив лицо другой женщины и внеся еще некоторые изменения. Доказано, что второй вариант картины выполнен не ранее чем через десять лет после первого - около 1646 года.

В первом варианте картины Даная полна только что пережитым счастьем. Опершись на локоть левой руки, она протягивает правую руку ладонью вниз - это прощальный жест. Она еще не думает о том, что счастье уходит безвозвратно. Но об этом напоминает видимый и на рентгеновском снимке плачущий амур со скованными руками. Примечательно, что он изображен просто как позолоченное украшение кровати - закреплен в этом положении навечно. Таким образом, Рембрандт подчеркивает, что счастье этой заживо погребенной женщины мимолетно, ее земные радости ушли в прошлое. Иначе говоря, и в первом варианте главным в картине было не торжество счастья, а скорбь о том, что оно преходяще и быстротечно. В этом очень важное отличие уже первого варианта картины Рембрандта от работ на данную тему его предшественников и современников.
Второй, известный ныне вариант существенно отличается от первого. На нем запечатлен совсем иной момент в жизни Данаи. Она ожидает повторного прихода Зевса. Рембрандт, как глубокий мыслитель и психолог, осуществил замысел, который не находил отражения ни у одного из его предшественников: Даная постоянно ждет Зевса - так внезапно и таинственно появившегося когда-то отца ее будущего ребенка. В соответствии с этим замыслом Рембрандт переделал картину, тщательно продумав каждую деталь нового варианта.