Советский селекционер растений, академик АН СССР (с 1964), академик ВАСХНИЛ (с 1956). Родился в с. Тарановке ( Харьковской обл.). Окончил Харьковское земледельческое училище (1907) и Кубанский сельскохозяйственный институт (1926) . В 1908 - 1924 преподавал в Кубанском сельскохозяйственном техникуме. В 1912 организовал опытно - селекционное поле «Круглик» (Краснодар; с 1932 - Всесоюзный научно - исследовательский институт масличных культур). Зав. кафедрой Кубанского сельскохозяйственного института (1926 - 1930), в 1935 - 1972 - зав. отделом селекции и семеноводства масличных культур и лабораторией селекции подсолнечника Всесоюзного научно - исследовательского института масличных культур.

Основные научные работы относятся к биологии, селекции, агротехнике подсолнечника. Достиг беспримерных в мировой селекции результатов по преобразованию культуры подсолнечника. Вывел высокомасличные заразихоустойчивые сорта подсолнечника. На основе глубокого изучения биологии и генетики подсолнечника предложил новые высокоэффективные методы селекции этой культуры. Создал 20 высокомасличных сортов подсолнечника (масличность их абсолютно сухих семян составляет более 50%, тогда как содержание масла в семенах исходных форм не превышает 33%). Выведенные им сорта обладают также заразихо - и молеустойчивостью (Передовик ВНИИМК 8883, ВНИИМК 6540, Смена и др.). В 1974 в СССР сорта подсолнечника селекции Пустовойта занимали более половины сортовых посевов этой культуры, в зарубежных странах площадь под ними составляет около 1 млн. га.

Дважды Герой Социалистического Труда (1957, 1963). Ленинская премия (1959). Государственная премия СССР (1946).

Президиумом ВАСХНИЛ учреждена премия им. В. С. Пустовойта. Всесоюзному научно - исследовательскому институту масличных культур присвоено его имя.