Русский биолог - эволюционист, академик Петербургской АН (с 1890). Брат В. О. Ковалевского. Родился в Варкаваской вол. ( Прейльского р - на Латвия). Окончил Петербургский университет (1863). Профессор Казанского (с 1868), Киевского (с 1869), Новороссийского в Одессе (с 1874) и Петербургского (1891 - 1894) университетов, в 1892 - 1901 - директор Севастопольской биологической станции. Совершил экспедиции на Адриатическое, Средиземное, Каспийское и Красное моря.

Основные научные работы посвящены сравнительной эмбриологии и физиологии беспозвоночных животных. Активный сторонник дарвинизма. Изучал эмбриональное развитие многоклеточных животных, особенно беспозвоночных, чем способствовал выяснению путей эволюции животного мира. Основатель (совместно с И. И. Мечниковым, 1871) филогенетической теории зародышевых листков. Провел (1865 - 1876) многочисленные исследования в области сравнительной анатомии, физиологии и гистологии беспозвоночных. Заложил совместно с Мечниковым основы эволюционной сравнительной эмбриологии. Изучал строение и функции выделительной и лимфатической систем, а также фагоцитарных органов у беспозвоночных. Его работы положили начало экспериментальной и эволюционной гистологии.