Родился в Москве в семье служащего. Вследствие несчастного случая (взрыв примуса) в 14 лет потерял зрение. Мать, Татьяна Андреевна (портниха), в течение многих лет выполняла фактически обязанности личного секретаря и окружила сына самой большой заботой.
В 21 год окончил Московский университет, в 23 — аспирантуру и остался работать в университете. Ученик П. С. Александрова. В 27 лет — доктор физико-математических наук и профессор, а в 30 — член-корреспондент АН СССР. Академик АН СССР (1958 г.). С 1930 г. работает также в Математическом институте АН СССР, где с 1939 г. руководит отделом дифференциальных уравнений.
Основные труды относятся к топологии, алгебре, дифференциальным уравнениям и теории оптимальных процессов. Еще студентом выполнил первую самостоятельную работу по топологии (1927 г.), а в 1932 г. открыл общий закон двойственности, впоследствии названный его именем. Работы ученого в области топологической алгебры и теории групп Ли продолжены как у нас, так и за рубежом.
Большой цикл исследований по применению дифференциальных уравнений к теории колебаний и теории автоматического регулирования выполнил вместе с учениками. Первые крупные результаты получил в теории дифференциальных уравнений с малым параметром (совместно с Е. Ф. Мищенко).
Под руководством Л. С. Понтрягина создана новая область математики — теория оптимальных процессов. С помощыд этой теории ученые рассчитывают оптимальные программы расхода топлива, строят наивыгоднейшие схемы электроприводов и т. п.
Получил фундаментальные результаты по дифференциальным играм. Известны также труды ученого по функциональному анализу. В общей сложности опубликовал более 150 работ, среди которых всемирно известные монографии «Непрерывные групп», «Основы комбинаторной топологии», «Обыкновенные дифференциальные уравнения», «Математическая теория оптимальных процессов» (совместно с В. Г. Болтянским, Р. В. Гамкрелидзе и Е. Ф. Мищенко) и др. В обиход математиков вошли такие термины, как «закон Понтрягина», «пространство Понтрягина», «поверхность Понтрягина», «числа Понтрягина», «проблема Понтрягина» и др.
Л. С. Понтрягин так говорит о путях, которыми шел к своим крупнейшим результатам: «Основная стадия творческой работы представляет собой упорную, нередко требующую ряда лет работу, когда еще бывает неясен конечный результат, и шаг за шагом преодолеваются трудности и препятствия. Затем в результате этой упорной «предварительной степени» бывает иногда, что мне сразу становится виден конечный результат, сверкнет счастливая догадка. Иногда она приходит в бессонную ночь, когда не спишь и думаешь о чем-то неопределенном. Затем наступает последняя стадия — период внимательной, тщательной проверки» (см.: А. Наркевич. Победа математика Понтрягина.—Техника молодежи, 1950, № 3, с. 21—22).
Выдающийся педагог. Его лекции отличаются ясностью и точностью изложения. С 1952 г. руководит семинаром по обыкновенным дифференциальным уравне-ниям, которые находят применение в теории колебаний и регулирования. Имеет много учеников и последователей.
Главный редактор журнала «Математический сборник». Был вице-президентом Международного математического союза. Член Лондонского математического общества, Международной академии «Астронавтика», почетный член АН Венгерской Народной Республики. Герой Социалистического Труда. Удостоен двух Государственных премий СССР, Ленинской премии (1962, вместе с В. Г. Болтянским, Р. В. Гамкрелидзе, Е. Ф. Мищенко), Международной премии им. Н. И. Лобачевского (1966 г.). Награжден двумя орденами Ленина, орденом Октябрьской Революции, двумя другими орденами, а также медалями.