Немецкий химик-органик. Родился в Дармштадте. Окончил Гисенский университет (1852). Слушал в Париже лекции Ж. Б. А. Дюма, Ш. А. Вюрца, Ш. Ф. Жерера. В 1856—1858 преподавал в Гейдельбергском университете, в 1858—1865 профессор Гентского университета (Бельгия), с 1865 Боннского университета (в 1877—1878 ректор). Интересы преимущественно были сосредоточены в обл. теоретической орг. химии и орг. синтеза. Получил тиоуксусную кислоту и др. сернистые соед. (1854), гликолевую кислоту (1856). Впервые по аналогии с типом воды ввел (1854) тип сероводорода. Высказал (1857) мысль о валентности как о целом числе единиц сродства, которым обладает атом. Указал на «двухосновность» (двухвалентность) серы и кислорода. Разделил (1857) все элем., за исключением углерода на одно-, двух- и трехосновные; углерод отнес к четырехосновным элем, (одновременно с А. В. Г. Кольбе). Выдвинул (1858) положение о том, что конституция соед. обусловливается «основностью», т. е. валентностью, элем. Впервые (1858) показал, что число атомов водорода, связанных с п атомами углерода, равно 2п + 2. На основе теории типов сформулировал первоначальные положения теории валентности. Рассматривая механизм реакций двойного обмена, высказал мысль о постепенном ослаблении исходных связей и привел (1858) схему, являющуюся первой моделью активированного состояния. Предложил (1865) циклическую структурную формулу бензола, распространив тем самым теорию хим. строения Бутлерова на ароматические соед. Эксперим. работы Кекуле тесно связаны с его теоретическими исследованиями. С целью проверки гипотезы о равноценности всех шести атомов водорода в бензоле получил его галоген-, нитро-, амино- и карбоксипроизводные. Осуществил (1864) цикл превращений кислот: природная яблочная — бромянтарная — оптически неактивная яблочная. Открыл (1866) перегруппировку диазоамино- в аминоазобензол. Синтезировал трифенилметан (1872) и антрахинон (1878). Для доказательства строения камфары предпринял работы по превращению ее в оксицимол, а затем в тиоцимол. Изучил кротоновую конденсацию ацетальдегида и реакцию получения карбокситартроновой кислоты. Предложил методы синтеза тиофена на основе диэтилсульфида и ангидрида янтарной кислоты.
Президент Немецкого хим. общества (1878, 1886, 1891). Один из организаторов I Международного конгресса химиков в Карлсруэ (1860). Иностранный чл.-кор. Петербургской АН (с 1887).